由于学术论文所涉及的学科和性质不同，研究领域、对象和方法不同，论文的表现手法、使用范围也不尽相同，因此，学术论文就有不同的分类方法。
1、按研究领域和对象，可分为人文社科类论文、自然工程类论文与医学科学类论文。
人文社科类论文是以人文、社会现象为研究对象的学术论文，其任务是研究并阐述各种人文社会现象及其发展规律，研究领域涉及的范围广，类型复杂交错。根据学科内容的不同，人文社科类论文可细分为哲学学科论文、语言文学学科论文、历史学科论文、艺术体育学科论文、经济学科论文、政治学科论文、法学学科论文、管理学科论文、教育学科论文等。人文社科类论文就研究方法与行文角度而言，可以将其分为论述型、评价型、考证型、证明型、介绍型、诠释型、调查报告等论文类型。
自然工程类论文，也称为理工科类论文，其研究目的是发现自然现象背后的规律，并运用这些规律为人类社会发展做出贡献。其中，自然科学论文侧重于对自然本体进行研究和描述，揭示自然界发生的客观现象以及自然现象背后的规律，具有客观性强、计量细、实验数据多等特点。工程科学论文侧重于运用科学和技术原理来解决人类社会发展进步中存在的问题。自然工程论文按照功能和属性，还可以将其分为实验型、理论型、综述型论文与科学调查（考察）报告等。
医学科学类论文，也称医科类论文。医科是对有关医疗、药物、公共卫生等研究领域的学科统称，医学科学类论文就是以人类自身身体及其所患疾病、所受损伤等为研究对象，以诊断治疗预防生理疾病和提高人体机体健康为目的。
2、按研究内容和方法，可分为理论型、实验型、描述型、设计型学术论文。
理论型学术论文的研究对象是比较广泛的自然现象和社会现象，以及这些现象之间的关系，即抽象的理论问题。其基本研究方法主要是理论证明、数学推导和综合考察等。
实验型学术论文是以实验本身作为研究对象，或者以实验作为主要手段得出研究成果后撰写的学术论文。它的核心内容是设计实验，进行实验研究，对实验结果的观察和分析，探讨客观事物和现象发生的原因和规律，形成结论或提出作者的见解。
描述型学术论文是以自然和社会存在的客观事物和现象为研究对象，其研究方法是考察、观测和分析，其主要表达方式是描述、说明和比较，目的在于向读者介绍新发现的具有科学价值的客观事物和现象。因此，它的重点在于说明事物和现象是什么，并确认其种属、学科等，和类似事物或现象有何不同，而没有复杂的理论推导、逻辑分析。
设计型学术论文的研究对象是新工程、新产品的设计，主要研究方法是对新的设计方案或实物进行全面论证，从而得出某种结论或引出某些规律
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